蒙医药学是蒙古民族的文化遗产之一，也是祖国传统医学的重要组成部分，它是蒙古族人民在长期的医药疗实践中逐渐形成与发展起来的，它吸收藏医、汉医及印度医学理论的精华，逐步形成具有鲜明的民族特色、地域特点和独特理论体系、临床特点的民族传统医学。

蒙医药理论体系的显著特点是：以阴阳五元学说为指导的整体观和对六基症的辨证施治。六基症理论为“赫依、希拉、巴达干、血液、黄水、粘虫”。把疾病的本质归纳为寒热两种，把发病部位归纳为脏腑、黑脉、白脉、五官等。蒙医理论明确指出，发病本身的内在条件是指三根七素，即内因，致病因素指外界因素，即外缘。在正常情况下，三根七素各有特点，自具其能，密切联系，共同担负着人体正常生理功能活动，保持对立统一的相对平衡状态。这是人体健康的基本原因。在各种致病因素的影响下，三根出现偏盛偏衰等反常状态而失去平衡时，就产生疾病，这是病理活动的基本原因。三根七素是人体进行生命活动的能量与物质基础，并且也是产生一切疾病的根本因素。对于人体生理功能和病理机制，均以三根的生成变化为理论根据。

蒙医认为，人体的生命现象，是一个综合性的复杂的活动过程，内部消化系统，外部言听视行，都不是孤立进行的，必须在三根七素的作用下，人体脏腑之间、脏腑与体表之间的生命活动彼此协调，相互制约，才能维持人体内环境的相对平衡，如某一部分发生病变，就会影响到其他部分以至整体，引起平衡失调，功能障碍，出现一系列症状。所以在医疗疾病过程中，不能只看表面现象，而要辨证地进行全身的综合分析才能得出正确的诊断。人和自然界也是相互对立统一的，人体通过感受器官和外界自然环境保持着密切联系，自然环境的变化，必然对人体产生影响。在正常的情况下，通过人体内部三根的调节，使之与自然环境的变化相适应，若七素之间的平衡失调，相互为害；或由于某种外因，人体内外环境的相对平衡状态遭受破坏，就会发生疾病。蒙医在临床上根据这一理论和原理解释各种致病因素的性质、特点和所致病症的临床表现。所以“扶正”与“祛邪”是人体战胜疾病、恢复健康的重要措施。

在药物学方面，蒙医药家们创造了适合于本地区实际情况的独特的配制法和用药法等。同时还吸收了西藏、印度等地区和兄弟民族的药物学理论知识，使自己的药物学理论不断完善和发展。