蒙古族人民中流传着这样一句民间谚语：“病之始，始于食不消；药之源，源于百煎水。”诸如奶食、肉食、骨汤之类，只要食用适当，都可以起到滋补、强身、防病、治病的作用。这是古代蒙古人从长期的生活实践中总结出来的饮食疗法的前身，在《蒙古秘史》中也有这方面的记载。

　　　蒙医治疗强调“治未病”、“求本”、“扶正祛邪”、“调理三根”和“因人、因时、因地制宜”等治疗原则。

　　　蒙医认为：疾病是在各种致病因素的影响下，三根出现偏盛偏衰、失去相对平衡的情况下产生的，只有保持三根互相协调，才能维持人体正常的生理功能，身体方能健壮无病。因此，治疗一切疾病的过程，实际上就是调整赫依、希拉、巴达干三者，使之趋于平衡的过程。

　　　其中，内科疾病多以内服药为主，同时配合外治放血、薰蒸、冷热敷、湿药浴、银针等多种疗法。临床过程中，要注意在正确区分不同的体质特征（包括赫依型、希拉型、巴达干型及聚合型四种），仔细辨别疾病的诱发因素（包括饮食、起居、时令和突发因素等四种），认真分析病因病机（包括赫依、希拉、巴达干、血、黄水、粘虫六因，也称六基症）和疾病性质（概括为寒热两类）的基础上，根据具体病种的不同特点，分清主次，采用不同的治疗原则和治疗方法。同时，要密切注意和防止疾病的转化，如瘟热病尚未成熟时，要注意防止转化为空虚热；治疗毒热症与包如病时，要注意防止其转化为陈热病，巴达干病与希拉病治疗，要注意防止其转化为隐伏热症等等；要特别注意不要被疾病的假象所蒙蔽，诊断要正确，误诊要及时纠正，而后确立治则治法和投药，如：毒症，包如病、陈热三种疾病，其症状极易相混，如诊断不清，就会造成治疗误差，而不能获得根本的疗效。

　　　总之，蒙医治疗疾病一般采取以药物、外治、饮食起居等多种疗法相结合综合性治疗手段。针对赫依、希拉、巴达干三大类疾病的不同特点，其治疗原则及疗法、用药大致如下：

赫依性病：由赫依偏盛而引起的诸病症的共同症状为呵欠、伸腰、恶寒战栗、腰髓关节酸痛，游走性刺痛，空呕，五官功能减弱，消瘦，皮肤发黑，活动时周身疼痛，多在空腹，受风寒侵袭，以及黎明、下午14～18时发作。治疗原则：补益正精镇赫依，活气血，并根据疾病的不同类型随证施治。药物一般用阿魏三味汤，沉香四味汤等药；进食骨汤、陈红糖、大蒜等。

希拉病：本质上属热症。诸病总的症状为口苦，烧心，头痛，发烧，局部固定性刺痛或作痛，颜面及全身皮肤微黄，腹部膨大，吐泻胆汁，脊椎第二节等处希拉主穴有压痛，在中午、午夜时出现病痛加剧现象。治疗原则：一般在饮食、起居和药物等方面，施以凉性疗法，宜先调胃火扶正精，清希拉和血热之邪，并用攻泻剂及放血疗法等随症施治。药物可投六雄汤、苦参六味汤、柿子六味散、查干榜十三味散、槟榔四味散、胡连十六味散等攻泻剂。为了清除热邪余毒，可选用清希拉缓泻剂，引用大黄地丁汤送服；藜格丹十三味散，引用大黄三味汤送服，外治可针对病情，取金柱脉、银柱脉及肝胆合脉微量放血、并辅以冷罨。

巴达干病：一切寒症之根源为巴达干。巴达干增盛所致诸病为食欲不振，消化不良，恶心或呕吐，胃胀闷，嗳气频作，味觉不敏，身感沉重，情志懈怠，神志迷糊常有寒冷之感，食后或阴天潮湿时易发作，尤以昼夜两者之初（早晨及晚间6～10时左右）发作较多。脊椎第三节及胃穴等巴达干主穴有压痛。治疗原则：以温热为宜，消除巴达干为原则，并随症施治。药物一般用光明盐三味汤和光明盐四味汤、紫硇砂五味汤等剂酌情服用。散剂：甘草十四味散，青龙二十六味散等。

　　　外治方面，为了扶振胃火、清除巴达干，据病情，可在脊椎第三节、第十二节穴、胃前三穴等巴达干总穴施以针刺或艾灸或热敷。内服胡椒、蜂蜜为宜。

　　　在长期临床实践中，蒙医还逐步总结了一些经验性习惯用药或疗法，如治疗各种疾病，单味药中诃子为良好；对血病、内服巴沙、胡黄连为佳；黄水病用水银，虫病内服信筒子，粘性疾病内服黑云香、麝香等，效果显著；对消化不良，紫硇砂是良药；对毒症包如病，用寒水石，疗效显著；浮肿用女贞子、铁屑；热症用牛黄；心脏病用肉豆蔻，疗效均显著；肺病用石膏；肝病用红花、五灵脂；脾病用草果、荜茇为良方；胃病用石榴为上；呕吐病用炒大米；腹泻病常用止泻子施治；尿频症用栀子、姜黄、黄柏，尿闭症用硇砂、海金砂医治；咳嗽用茵陈、悬钩子木为佳；肋胁刺痛用川木香医治；疯癫病用陈旧黄油为佳；眼病用黄柏膏、三籽膏；口腔疾病用甜味药或用皂矾或狼舌为佳；咽喉病用鱼汤施治；创伤用熊胆效果良好；腐烂用银珠灰，止血用独活虫为好。

　　在外治方面，赫依性疾病多用擦涂按摩疗法和温和导泻施治；希拉性疾病用药浴疗法下泻疗法施治；巴达干性疾病用催吐法及火灸法施治；血症用放血疗法施治；黄水病用温泉沐浴及火灸法施治；疖痛用药水浸浴及火灸法施治；毒证用酸马奶施治。